Между тем доводилось Б. М. Хитрово ведать и Земским приказом, и приказом Новой чети, и Челобитным, а с 1657 года — Оружейной палатой, имевшей совершенно особое значение в развитии русского искусства.
Своими первоначальными функциями хранилища и мастерской царского оружия палата ограничивалась очень недолго. В нее вслед за оружейниками и кузнецами одни за другими приходят чеканщики, златописцы, ювелиры, золотых и серебряных дел мастера, мастера росписи и украшения книг, басменного и финифтяного дела, все виды художников — от тех, кто занимался расписыванием знамен, стягов, «палаток», до иконописцев и живописцев, наконец, строители — каменных дел мастера и плотники. Оружейная палата занималась вооружением русской армии, выполняла заказы для собственно царского обихода, крупнейшие заказы городов и монастырей по всему Русскому государству и даже за его рубежами. Здесь складывается специальная система учета мастеров, живших и работавших в других городах. Все они проходили при Оружейной палате своеобразное испытание в мастерстве и в случае появления больших по объему работ вызывались для участия в их исполнении, причем ответственность за приезд каждого, скажем, иконописца или каменных дел мастера нес соответствующий воевода.
Б. М. Хитрово был человеком, несомненно далеко не равнодушным к тому, что делалось в Оружейной палате, к судьбам и характеру работы ее мастеров. При нем начинает расти число живописцев и сокращаться число иконописцев. Боярина отличала характерная, впрочем, и для всего Московского государства XVII века веротерпимость, отношение к художнику или ремесленнику в зависимости от его умения, а не национальной принадлежности или вероисповедания. Поэтому среди штатных иконописцев палаты уживались вчерашние мусульмане, выходцы из Персии, армяне, греки, евреи, немцы, шведы, англичане. Для живописцев Б. М. Хитрово создает наиболее благоприятные условия, все время увеличивает штат учеников, способствуя развитию в изобразительном искусстве противоположного иконописи художественного метода.
Утверждал ли Б. М. Хитрово собственные взгляды, поддерживал ли стремления государя Алексея Михайловича, во всяком случае, его руководство палатой получает полное высочайшее одобрение, и в 1664 году к обязанностям Богдана Матвеевича присоединяется руководство приказами Большого дворца, Золотой и Серебряной палат. Его положение при дворе тем более укреплялось присутствием в приказах Лифляндских дел, в Дворцовом суде. Здесь, несомненно, сыграла свою роль и та помощь, которую оказал Б. М. Хитрово царю в его разрыве с патриархом Никоном.
Многие современники и историки склонны считать, что именно столкновение Б. М. Хитрово с патриаршим стряпчим Мещерским во время приема грузинского царя Теймураза I в 1658 году послужило первым шагом к падению строптивого и властного патриарха, добивавшегося подчинения царской власти церкви. Получив в 1667 году звание боярина — было оно именным и ни по наследству, ни по родству не передавалось, — Б. М. Хитрово одновременно удостоился чести сидеть на посольских приемах на первом месте после царя, а при частых выездах Алексея Михайловича из столицы на богомолье занимать место в царской колымаге.
Брат Б. М. Хитрово, окольничий Иван Матвеевич, сопутствовал ему во многих службах, сидел с ним в некоторых приказах, но главное — был назначен дядькой, иначе говоря, воспитателем будущего царя Федора Алексеевича. У царской семьи от Хитрово ни тайн, ни секретов попросту не могло существовать.
Царь Федор Алексеевич сохраняет за Б. М. Хитрово исключительность его положения при дворе, жалует его так называемым «дворечеством с путем», передает в его ведение еще и дела введенного в состав приказа Большого дворца бывшего Монастырского приказа.
В эти особенно благоприятные для него годы Б. М. Хитрово усиленно занимается благоустройством своего любимого Братцева. Сведения на листах 21–24 Писцовой книги № 9813 за 1678 год сообщают, что Б. М. Хитрово построил в Братцеве каменную церковь Покрова с приделом Алексея Божьего Человека, тезоименитого царю Алексею Михайловичу, «да в селе двор боярский и около двора задворных крепостных людей русских и иноземцев 37 человек; при мельницах 13 человек и 3 человека мельников русских и иноземцев».
В отношении архитектуры боярин придерживался скорее консервативных взглядов. Братцевская церковь представляет собой двусветный куб, увенчанный излюбленным московским пятиглавием. О привязанности к строительным приемам XVII века говорит и его отделка пояском изразцов с размещенными над ним декоративными полуциркульными и прямоугольными впадинами, хотя внешняя декорировка церкви и была несколько переработана, по-видимому, в начале XIX века. Такой же типичной представляется и колокольня шатровая с четырехгранным основанием, несущим два поставленных друг на друга восьмигранника.
Жизнь Б. М. Хитрово складывалась непросто. Могли радовать успехи по службе, но семейная жизнь приносила горькое разочарование. Сыновей у боярина не было. Одна из двух дочерей умерла в младенчестве, вторая, Василиса Богдановна, — в 1666 году, вскоре после того как стала женой князя И. Б. Троекурова, оставив родителям и мужу единственного ребенка — девочку. А между тем как много сулило ее замужество семье!
Вели свой род князья Троекуровы, иначе — Ярославские, от легендарного Рюрика, почему и хоронили их в Спас-Преображенском монастыре Ярославля, на берегу Которосли, и только младшие поколения обрели родовую усыпальницу в церкви Георгиевского монастыря на углу Большой Дмитровки и Георгиевского переулка, сразу за Колонным залом, то есть зданием Благородного собрания. Там же и по сей день стоят Троекуровские палаты, выстроенные при содействии Б. М. Хитрово (в них размещается Музей музыкальной культуры имени М. И. Глинки). Отсюда редкое по красоте белокаменное убранство верхнего этажа, надстроенного именно тогда. Это убранство позволило слить постройку воедино, хотя строилась она по частям, постепенно.
Через несколько лет по окончании строительства братцевской Покровской церкви Б. М. Хитрово не стало. Погребенный самим патриархом едва ли не с царскими почестями в московском Новодевичьем монастыре, он оставил единственной наследницей жену, боярыню Марью Ивановну, за которой с марта 1680 года и стало числиться Братцево. Царь Федор оказал эту последнюю милость вдове своего любимца. Дело в том, что большая часть земель скончавшегося служилого человека при отсутствии наследников мужского пола обычно отбиралась в царскую казну.
Писцовая книга 1685–1686 годов подробно описывала перешедшее во владение боярыни имение. При селе Братцеве, на устье реки Братовки, размещался «двор боярский, в нем 5 человек кабальных дворовых людей, двор прикащиков, двор конюшенный, двор скотной, а в нем 4 человека, 4 двора кабальных, в нем дворовых людей 6 человек, 10 дворов конюхов, а в них 11 человек, 10 дворов деловых, в них 16 человек да на двух мельницах 7 человек, всего 24 двора, в них 49 человек». Исключительное богатство отделки, утвари, иконных окладов отличало Покровскую церковь. Она располагала большим выбором роскошных священнических облачений, не уступавших по цене и редкости тканей тем, которые использовались в кремлевских церквах, имела целую библиотеку церковно-служебной литературы. Но самым большим чудом Братцева были помещенные на колокольне башенные часы с курантами. О них в так называемой «Отказной книге № 18 по городу Москве», в деле № 76, говорилось: «Колокольня, а на ней больших и малых семь колоколов, да на той же колокольне боевые часы с указным кругом».