В первый год её пребывания в Монтаржи капелланом там стал пастор Франциск де Морель, более известный как Кулонж, который председательствовал на первом французском реформаторском синоде в Париже в 1559 году. 21 октября 1561 года Кальвин писал своему помощнику Теодору Безу:
—О том, чтобы Кулонж не был отозван, меня осторожно просила госпожа герцогиня, чьи надежды относительно Вас также вряд ли было правильным расстраивать.
В начале 1562 года Екатерина Медичи при содействии канцлера Л'Опиталя созвала в Сен-Жермене собрание депутатов от восьми парламентов Франции. Результатом стал «Январский эдикт», который разрешал гугенотам собираться для богослужений в полях за пределами городов. Это побудило некоторых наиболее рьяных католиков начать предательскую переписку с испанским королём. Через посредничество кардинала Ипполито д'Эсте, владевшего аббатствами в Нормандии, Лионе, Нарбонне и Суассоне и пользовавшегося значительным влиянием при французском дворе, Филиппу II удалось склонить слабого короля Наварры перейти в католическую партию. Антуан Бурбон притворился, что убедился в ошибочности реформаторской доктрины, но истинный мотив следует искать в предложенной ему приманке о возможном восстановлении той части его древнего королевства, которую Испания ранее отвоевала у Наварры и с тех пор удерживала неослабной хваткой. Поддавшись этому искушению, он отправил свою жену обратно в Беарн, выгнал Теодора Безу и других кальвинистских проповедников из своего дома, поссорился с Шатийонами и даже дошёл до того, что потребовал их отстранения от двора. Не удовлетворившись этим, Антуан пригласил кардинала Лотарингии и герцога Гиза вернуться в Париж.
28 февраля 1562 года они прибыли в Васси. На следующий день, 1 марта, все гугеноты этого местечка собрались на субботнее богослужение в амбаре, повинуясь требованиям нового королевского эдикта. К сожалению, звон колоколов, созывавший их, привлёк внимание свиты герцога. Один придворный спросил, что это значит, и ему сказали, что колокол созывает гугенотов на «крестины». Услышав эти слова, Франциск де Гиз гневно воскликнул:
—Мы скоро сделаем их гугенотами, но другим способом!
Он, вероятно, вспомнил просьбу своей матери Антуанетты де Бурбон, которую навещал перед этим в Жуанвиле:
—Я хочу быть избавлена от присутствия гнезда еретиков вблизи моего замка.
Герцог и его вооружённый эскорт сразу же поспешили в сарай, где проходила служба гугенотов. Последние было заперли дверь, но солдаты Гиза начали стрелять из своих пистолетов и аркебуз по перепуганным людям. Камень, брошенный в порядке самообороны одним из гугенотов, попал Франциску в щёку, из-за чего потекла кровь. Это послужило сигналом к печально известной «резне в Васси». Шестьдесят четыре человека были убиты либо в сарае, либо при попытке к бегству, и более двухсот получили тяжёлые ранения. В Париже герцога де Гиза встретили как героя. Единственный голос милосердия в защиту гугенотов, как и во время Амбуазского заговора, принадлежал Анне д'Эсте. Между тем резня в Васси пробудила набат гражданской войны.
Когда весть об этом ужасном событии дошла до Монтаржи, Рене приказала охранять городские ворота, не препятствуя входу или выходу ни католиков, ни гугенотов. У герцогини были веские причины для этой и любой другой меры предосторожности. Некоторые магистраты распространили сообщение о том, что гугеноты собираются прийти в церковь Магдалины в ночь Вознесения и выбросить оттуда иконы. Под этим предлогом они разместили там гарнизон из тридцати человек в доспехах, вооружённых пиками и аркебузами. Предыдущей ночью это число было удвоено, и их целью было выйти из церкви в полночь и перерезать глотки всем протестантам, до которых они могли дотянуться в городе.
—Но Богу было угодно,— продолжает хронист,— чтобы мадам, будучи предупреждённой об этом, нанесла упреждающий удар, грубо пригрозив тому, кого ей следовало бы повесить, и запретив городским приставом собираться вместе днём или ночью под страхом телесного наказания. Тем не менее, на следующий день, в семь часов вечера, от шестисот до семисот человек собрались с таким оружием, какое смогли достать, и с шумом, более громким, чем звук набата, бросились в дом слепого хозяина гостиницы, намереваясь убить его, но тот спрятался на чердаке, а его жена, тоже в возрасте, была изуродована и позже умерла.
Не удовлетворившись кровью бедной пожилой женщины, из дома трактирщика они направились в жилище городского судебного пристава Игнаса Куртуа, чья приверженность реформатской доктрине сделала его непопулярным в Монтаржи. Но его дом был защищён лучше, чем первый, и мятежники были отброшены от него, как и от дома старейшины гугенотов по имени Клод Шаперон, который не считал своим долгом практиковать добродетель непротивления, когда разъярённая толпа пришла, чтобы покончить с ним. Шум вскоре достиг ушей герцогини, которая отправила из замка несколько дворян, чтобы унять беспорядки, с большой опасностью для их жизни.
—Тем не менее,— свидетельствует Беза,— это дало некоторую передышку приверженцам религии; они держались настороже, в то время как мадам, поспешно отправив к принцу (Конде) в Орлеан, получила оттуда несколько конных и пеших солдат, которые по прибытии разоружили мятежников по её приказу, их оружие было перенесено в замок. Некоторые из них были заключены в тюрьму, трое из них были повешены по приговору главного маршала, а остальные были освобождены некоторое время спустя — благодаря милосердию Рене.
Решительные меры и твёрдая позиция «дамы Монтаржи» привели, по крайней мере, на некоторое время, к положительным результатам. Её подданные-паписты поняли, что их госпожа не потерпит нетерпимости. Замок Монтаржи стал убежищем для гугенотов из других частей королевства, таких как Париж, Мелен, Немур, Санс, Блуа, Тур, и, более того, даже для нескольких приверженцев католической религии, бежавших от войны. Недаром его ласково называли «Гостиницей Господа». Даже после того, как Конде, увидев, что его враги приближаются к Орлеану, отозвал всех своих людей, герцогиня обеспечила поддержание порядка в Монтаржи.
Однако вскоре после осады Буржа, который капитулировал 31 августа, через Монтаржи прошла католическая армия, вызвав большой ужас у протестантов этого города. Рене, когда услышала о приближении этих нежеланных гостей, «чрезвычайно забеспокоилась» и посоветовала своим приближённым Кулонжу и Пьеру Антену удалиться на время в соседний замок, владелец которого был настроен дружелюбно к ней. Гугенотское же население нашло убежище в замке своей госпожи, который был переполнен и напоминал госпиталь.
Кардинал Лотарингии и Анна д’Эсте, находившиеся в авангарде армии, первыми появились в Монтаржи. Они попытались развеять опасения Рене, заверив её:
—Король не желает ареста никого из гугенотов, а только мятежных повстанцев, которые захватили его города!
Затем прибыл сам Карл IХ, а за ним — герцог де Гиз. Король, как говорят, «очень ласково встретил мадам, свою тётю, несколько раз поцеловал её и проливал слёзы». Отсюда был сделан вывод, что «в то время война ему не нравилась».
—Но его так держали под контролем,— продолжает современник,— что он не мог долгое время разговаривать с Рене наедине.
