И что во мне самое лучшее, ты единственная госпожа, И лишь ты внимаешь моему дару, моей поэзии. Итак, напрасно твоя любовь ко мне заставляет тебя бледнеть, Ведь Эрколе лишь одну тебя любит и превозносит, Он — твой певец, а ты — его вечная Аврора.
Неизвестно, какой красавице посвящён этот стих, но её описание, как ни странно, напоминает Рене…
Смерть мужа произвела большие перемены в положении герцогини. Двое её сыновей, Альфонсо и Луиджи, были далеко, при французском дворе, а кардинал Ипполито, их дядя, покинул Феррару, чтобы занять своё место в Римском конклаве. Франческо д'Эсте, дядя покойного герцога, состоял на службе Испании. Таким образом, бразды правления перешли в руки Рене. Несмотря на то, что её так долго игнорировали и презирали, она всё же показала, что полностью готова к чрезвычайной ситуации. Отправив курьера в Париж с печальным известием и устроив почётные похороны своему мужу, Рене энергично взялась за дело.
Она доверила опеку над Моденой маркизу Монтеккьо, сыну Альфонсо I и Лауры Дианти, и приняла меры по защите Феррары, как будто враг действительно находился у её стен. На самом деле герцог ди Сесса, губернатор Милана, планировал наступательные действия и, скорее всего, осуществил бы своё намерение, если бы его повелитель Филипп II не пожелал, чтобы он воздержался от этого.
Когда известие о смерти его отца дошло до принца Альфонсо, он немедленно отправил Корнелио Бентивольо в Феррару с различными поручениями и «самыми любящими письмами к своей матери и городу». Затем 18 октября он отправился в Эсклерон, чтобы попрощаться с юным королём Франциском II, который после отъезда нового герцога Феррары издал бреве, назначив ему ежегодное вознаграждение в размере 20 000 экю за услуги, оказанные его покойному отцу Генриху II.
Сев на корабль в Марселе, Альфонсо II отплыл в Ливорно, откуда направился во Флоренцию, чтобы навестить свою жену Лукрецию Медичи, с которой он так внезапно расстался после их женитьбы летом прошлого года. Его тесть, герцог Козимо I, составил ему компанию на пути к его собственным владениям. При спуске с гор Моденезе Альфонсо был встречен своим дядей, графом Монтеккьо, в сопровождении большого числа дворян и вельмож. Вскоре после этого прибыл владетель Мирандолы Лодовико Пико с обычными поздравлениями молодому герцогу по случаю его вступления на престол, а правитель Сассуоло Эрколе ди Пиа устроил ему великолепный приём в своём маленьком государстве.
—И вся Модена,— свидетельствует хронист Муратори,— вышла 21 ноября, чтобы порадоваться при виде своего нового герцога.
Альфонсо, однако, продолжил своё путешествие в Феррару. Ожидалось, что он спешится, согласно обычаю, во дворце Бельведер, и знать Феррары собралась там, чтобы встретить его. Но он разочаровал их ожидания, отправившись сначала инкогнито навестить герцогиню, свою мать, в её дворце в черте города. На следующий день он удалился в Бельведер, где оставался в уединении до завершения подготовки к его первому публичному въезду в Феррару в качестве герцога.
По прибытие своим первым актом милосердия он, наконец, освободил к восторгу народа своего престарелого родственника Джулио д'Эсте, сводного брата Альфонсо I, который за участие в заговоре 1505 года провёл пятьдесят три ужасных года в тюрьме.
26 ноября 1559 года Совет магистратов Феррары собрался во дворце Бельведер и его глава, граф Галеаццо Тассоне вручил герцогский скипетр Альфонсо II. После чего молодой герцог совершил великолепное «шествие по городу, который снова был по-королевски украшен триумфальными арками в разных местах». Так как Альфонсо был всеобщим любимцем, горожане разразились громкими приветствиями, а знаменитая артиллерия Феррары продолжала беспрерывный салют. Клятва верности в соборе и акт милосердия в честь Джулио завершили этот день. Более мрачная церемония была запланирована назавтра. Это было празднование похорон покойного герцога, которое проходило в Кафедральном соборе, хотя тело уже было предано земле в церкви Корпус Домини. В герцогской часовне был приготовлен катафалк, освещённый многочисленными свечами, и на него были установлены носилки со статуей, представляющей покойного. В сопровождении феррарской знати прибыли двадцатишестилетний герцог и его дядя Альфонсо д’Эсте, граф Монтеккьо, и заняли свои места под большим балдахином, где выслушали надгробную речь, составленную секретарём Джаном Баттистой Пиньей. Траурная процессия всего двора к церкви, где был похоронен Эрколе II, завершила церемонию.
Альфонсо II ознаменовал своё восшествие на престол различными милостями городу Феррара и другим городам, и объявил о начале своего правления итальянским дворам с помощью своих послов. 26 декабря был избран новый папа Пий IV и три вечера подряд в Ферраре устраивались грандиозные празднества в ознаменование этого события. Молодой герцог отправил в качестве чрезвычайного посла к новому понтифику графа Ипполито Турки, которому было поручено по прибытии связаться с епископом Англонским (обычным послом), кардиналом Ипполито д’Эсте и кардиналом Карлом де Гизом, и, с их помощью, добиться от Пия кардинальской шапки для младшего сына Рене, Луиджи д'Эсте.
С самого начала своего правления Альфонсо II представил доказательства того, что он унаследовал литературные вкусы, которые на протяжении поколений отличали семью Эсте. Он восстановил и вновь открыл Феррарский университет, который практически прекратил своё существование в последние годы жизни его отца. Он внёс щедрые дополнения в библиотеку Эстенсе, которую в старину обогатили завещания его предков. Помимо того, герцог приказал закупать за любые деньги все книги, которые были подарены миру с момента изобретения книгопечатания. Он также объявил о своём намерении открыть типографию в Ферраре.
17 февраля 1560 года Лукреция Медичи, наконец, торжественно въехала в Феррару. Но так как молодая герцогиня из-за слабого здоровья почти всё своё время проводила в своих личных покоях, управлять государством во время отсутствия сына приходилось Рене. Полагаясь на своё влияние на Альфонсо II, его мать не считала нужным скрывать свою склонность к новой религии.
—…с этого дня (смерти мужа) Рене полностью перешла из сферы Возрождения в сферу Реформации,— утверждает М. Бересфорд Райли.
Тем временем её старший сын отправился в Рим, чтобы в мае 1560 года совершить обычный унизительный акт поклонения, требуемого от вассала Святого Престола. Воспользовавшись этим, Пий IV сообщил ему о новом скандале, в который «ересь матери правящего герцога Феррарского» снова ввергла дом Эсте. Альфонсо II не осмелился возражать папе и по возвращении в Феррару, «после тщетных молитв с его стороны, а также увещеваний и доводов учёных и религиозных людей», по словам хрониста, он поставил свою мать перед выбором: либо сменить религию, либо уехать из Италии. В свой черёд, Анна д’Эсте передала ей приглашение вернуться во Францию от королевы-матери Екатерины Медичи, желавшей использовать принцессу-кальвинистку в борьбе за власть. На этом же настаивал Субиз в надежде, что возвращение Рене усилит позиции протестантов при дворе.
Тогда вдова решила посоветоваться с Кальвином. Не скрывая своего колебания, реформатор предупредил её:
