...19 июля 1988 года произошли крупные перемены и во внутренней жизни обители. Определением Священного Синода наместник архимандрит Гавриил был назначен епископом Хабаровским и Владивостокским. Как и в случае с о. Алипием, закончилась целая эпоха в жизни монастыря — «гаврииловская».
На положении о. Иоанна перемены сказались немедленно — уже через неделю, 26 июля 1988 года, он был назначен братским духовником обители, сменив архимандрита Феофана (Молявко). В этой должности батюшка находился до апреля 1993-го. А в середине августа 1988-го на смену о. Гавриилу прибыл 36-летний архимандрит Павел (Пономарёв, род. 1952), до этого занимавший пост начальника Русской духовной миссии в Иерусалиме.
Вспоминает Патриарший Экзарх всея Беларуси митрополит Минский и Заславский Павел: «Мне выделили келью в братском корпусе. В соседней келье проживал архимандрит Иоанн (Крестьянкин).
В первый же день моего прибытия я познакомился с отцом Иоанном. Первое моё впечатление об отце Иоанне, как и обо всей братии, было самое доброе. Ровное, доброе, спокойное отношение успокоило меня. Не скрою, что волнение ощущал всю дорогу. Ведь это было моё первое посещение обители, да к тому же я постриженник другого монастыря.
Первое, что в обители произвело на меня впечатление, — простота. В отличие от Троице-Сергиевой Лавры, где я начинал своё служение в Церкви, мне бросилось в глаза то, что здесь братия приходит на обед не по полной форме, как в Лавре, а в подрясниках. В общении между собой всё гораздо проще, чем в Лавре. На территории обители гораздо меньше туристов.
Архимандрит Иоанн меня встретил радушно. Показал келью. Рассказал, где и когда совершаются службы, и высказал пожелание, чтобы я по возможности везде послужил. Первую Божественную Литургию я совершал в Никольском надвратном храме. Храм небольшой. Печеряне любят ходить в храм и молиться. И в этот раз храм был заполнен, хотя это был простой будничный день. К этому богослужению я не готовил проповедь, потому что, согласно расписанию, после запричастного стиха проповедовал очередной иеромонах.
После отпуста на Литургии произошёл очень важный для меня момент, который повлиял на дальнейшее моё служение. Я сделал отпуст, но народ стоял как вкопанный и никто не подходил к кресту. Я увидел у людей вопрошающие глаза. Они ожидали, что я им что-то скажу, но я не готовился к проповеди, поэтому обратился с простым приветствием и кратким наставлением. В это время я увидел жаждущие слова Божия лица людей. Они ловили каждое моё слово. Такого отношения к проповеди я не встречал на Западе ни до того, ни после. Увидев такую жажду слова Божиего, я сделал для себя вывод: не должно проходить ни одного богослужения без проповеди или хотя бы краткого приветствия и наставления.
Архимандрит Иоанн поблагодарил меня за проповедь и подтвердил мою мысль: люди ждут живого слова. Так началось моё знакомство и общение с отцом Иоанном. Его келья, его сердце были открыты для меня в любое время. Он выслушивал меня, давал советы, которые мне были очень важны. 27 августа, утром, состоялось заседание собора старцев, которое возглавлял архиепископ Псковский и Великолукский Владимир, священноархимандрит Псково-Печерского монастыря. На этом соборе старцы избрали меня наместником монастыря. И с этого дня началась моя жизнь в обители в новом качестве.
Дел в обители было много. Вопросов и проблем было много. Поэтому я часто обращался к отцу Иоанну за советами. При этом я заметил, что отец Иоанн обладает особым качеством. Он не прерывает собеседника. Я ему говорю, говорю, а он всё молчит, молчит. Вначале я подумал, что он меня не слышит, или не хочет слышать, или считает, что я говорю не по делу. Но как только я заканчиваю говорить, он начинает отвечать, начиная с первого вопроса и до последнего. Причём он даже не нарушал последовательности вопросов. Как будто всё записывал на плёнку, а потом перематывал её, отвечая по порядку на все вопросы. Думаю, что это особый дар Божий.
Первая служба наместником начиналась для меня с большим волнением. Служили маститые старцы, архимандриты Иоанн, Александр, Нафанаил, Антипа, также другие иеромонахи. Стоя у Престола в алтаре, я предложил отцу Иоанну возглавить Литургию, но он взял мои руки своими, остановил и говорит: “Что вы, что вы! Вы теперь отец наместник. Вставайте и не волнуясь служите”. Поставил он меня перед Престолом, а сам встал справа».
В личной беседе с автором этих строк владыка Павел уточнил: эти фразы о. Иоанн произнёс твёрдо, сурово, даже жёстко. В принципиальных для него вопросах батюшка умел быть и таким. Первенство наместника для него было неоспоримо и естественно.
Продолжим цитировать воспоминания Патриаршего Экзарха всея Беларуси митрополита Минского и Заславского Павла: «В лице архимандрита Иоанна я видел искреннего молитвенника. В этот период жизни у него были проблемы со слухом. Не всегда работал слуховой аппарат. На всенощном бдении он стоял перед аналоем в алтаре или на солее и сам по книгам следил, что поют и читают в храме.
Отец Иоанн оказывал мне не только молитвенную и духовную поддержку, но и административную. Мы все видели в нём духоносного старца. Он был для всех высоким авторитетом, а я молодой и неопытный наместник, хотя тоже архимандрит.
В монастыре существовала практика — всё делать по благословению наместника, а если он в отъезде, то старшего архимандрита. Таким был архимандрит Иоанн. Были случаи, когда молодые иеромонахи и послушники, зная, что я новый человек в обители, обращались к отцу Иоанну за благословением на какое-то дело или поездку. Отец Иоанн их спрашивал: “А наместник вас благословил?” Они ему говорят: “Да что там наместник, вы старец, вы наш духовник, вы и благословите”. Отец Иоанн очень твёрдо им всем говорил: “Вначале идите к наместнику. Если он благословит, приходите ко мне, и я вас благословлю. Но если наместник не благословит, я вас тоже не смогу благословить”.
Для меня такая позиция отца Иоанна была чрезвычайно важна и полезна. Таким образом он укреплял позицию наместника, поддерживал дисциплину в монастыре и правильно воспитывал насельников и трудников».
Новый наместник сразу же пришёлся по душе братии. Будучи полной противоположностью жёсткому архимандриту Гавриилу, архимандрит Павел привлекал к себе ровным, доброжелательным характером, мудрой взвешенностью суждений и поступков. Он сразу же отменил наложенный его предшественником запрет на посещения о. Иоанна. Одновременно была освобождена от послушания реставратора Татьяна Смирнова, отныне её единственной заботой был уход за о. Иоанном. Также к батюшке был приставлен ещё один помощник — монастырский эконом, тридцатилетний в ту пору о. Филарет (Кольцов, род. 1958). В обитель он пришёл в 1976-м, нёс послушание в трапезной, иподиаконствовал у о. Гавриила, потом служил в армии, откуда уволился сержантом. Лёгкий на подъём, темпераментный, с чувством юмора, о. Филарет импонировал батюшке, который и сам был таким же. На о. Филарета была возложена «хозяйственная» сторона жизни батюшки, а также помощь при передвижении по монастырю, причём нередко ему приходилось выполнять функцию настоящего телохранителя.
С конца 1980-х людской поток в келии батюшки не иссякал уже вполне легально. Ушли в прошлое времена, когда он вынужден был принимать людей втихомолку, под лестницей братского корпуса. Именно с этого времени о. Иоанн Крестьянкин стал в глазах верующих не просто мудрым старцем — его воспринимали как одного из главных людей в Церкви, он заслужил негласный статус морального авторитета для всей взбаламученной страны. И нет ничего удивительного в том, что простодушные паломники, подходя к Святым вратам Печорской обители, спрашивали у привратника: «Здесь живёт святой Иоанн Кронштадтский?» Конечно, эта тут же разъяснявшаяся путаница была глубоко символичной и закономерной. В книге «Христов пастырь» архимандрит Тихон (Секретарёв) очень убедительно показал, что о. Иоанн Крестьянкин был прямым духовным наследником святого праведного Иоанна Кронштадтского.